Vendredi 27 Mars 2020 (MeetUp)
Les scripts :
“standards” dans un fichier .R
“Rmarkdown” dans un fichier .Rmd
Les “données” :
un objet dans un .rds
une liste d’objet dans un .Rdata
RStudio :
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Emacs + ESS :
https://ess.r-project.org
vim + Nvim-R :
https://medium.com/@kadek/turning-vim-into-an-r-ide-cd9602e8c217
Visual Studio + RTVS :
https://docs.microsoft.com/en-us/visualstudio/rtvs
Lorsque vous quittez :
Lorsque vous démarrez :
* Le workspace est automatiquement sauvegardé/chargé via un fichier nommé .Rdata (là où s’execute ).
.bash_profilerm(list = ls())?rm(list = ls())? rm(list = ls()) ?Réinitialiser la session en cours
Réinitialiser les options()
→ options(stringsAsFactors = FALSE)*
Réinitialiser le répertoire de travailgetwd() → setwd()
Réinitialiser les extensions attachées
*En passe de devenir la valeur par défaut pour la prochaine itération de (Kurt Hornik: stringsAsFactors).
rm(list = ls()) ?help(rm)
Ctrl+Dq() dans une console Ctrl+Shift+F10.Renviron & .Rprofile.Renviron & .Rprofile.Renviron - contient des variables d’environnement.Rprofile - contient du code .Renviron.Renviron - contient des variables d’environnement.Renviron.Renviron - contient des variables d’environnementR_MAX_NUM_DLLS=300 GITHUB_PAT=abc123 TZ='Etc/UTC' R_LIBS_USER=~/R/%p/%v
La variable R_PROFILE_USER permet de définir à partir de quel répertoire le .Rprofile est chargé.
R_PROFILE_USER=~/.Rprofile # Par défaut
.Rprofile.Rprofile.Rprofile ?options(width = 120))Mais, ATTENTION !
.Rprofile et reproductibilitéCe qui figure dans le fichier .Rprofile :
.R ou .Rmd.Rprofile et reproductibilitéLe .Rprofile est chargé dans l’environnement à chaque execution d’un processus R (Rscript et R).
.Rprofile (GitHub)--vanilla - pour désactiver le chargement de tous les fichiers de démarrage
--no-init-file - pour désactiver le chargement du fichier .Rprofile
--no-environ - pour désactiver le chargement du fichier .Renviron
“Code Smells and Feels”
– Jennifer (Jenny) Bryan
“Advanced R”
– Hadley Wickham
“Project-oriented Workflow”
– Jennifer (Jenny) Bryan
“R for Data Science”
– Garrett Grolemund & Hadley Wickham